Новый подход к анализу генома современных людей позволил выявить в их ДНК следы двух древних видов, которые существовали до появления Homo sapiens. Один из этих видов скрещивался с предками человека в Африке, а гены второго обнаружены только у коренных жителей Океании.

Ранее было установлено, что у всех людей неафриканского происхождения присутствует 1–2% генов неандертальцев, а у населения Азии — также гены денисовцев. Смешение с неандертальцами произошло после выхода Homo sapiens из Африки, а с денисовцами — при миграции в Азию. Эти события были выявлены путем сравнения геномов древних неандертальцев и денисовцев с ДНК современных людей.

Однако для большинства других древних видов, таких как Homo erectus, полные геномы пока недоступны. Это связано не только с древностью останков, но и с климатическими условиями, в которых они обитали: высокая температура ускоряет разрушение ДНК.

В новом исследовании были проанализированы 503 генома современных людей с целью поиска необычных участков ДНК. Такой метод позволил обнаружить уже известные примеси неандертальцев и денисовцев, а также выявить две дополнительные линии.

Первая линия присутствует у всех современных людей, что указывает на смешение, произошедшее до выхода Homo sapiens из Африки около 70 тысяч лет назад. Если это было единичное событие, оно могло произойти примерно 300 тысяч лет назад, однако возможны и другие даты при множественных эпизодах гибридизации. Доля генов этого неизвестного вида сопоставима с долей неандертальских генов у неафриканцев. Этот вид отделился от общего предка человечества около 800 тысяч лет назад, но его гены не совпадают с неандертальскими, что исключает принадлежность к человеку гейдельбергскому. Хронологически возможными кандидатами считаются Homo antecessor или другой древний вид. Также нельзя полностью исключить связь с Homo naledi, хотя это менее вероятно.

Вторая линия обнаружена только у коренных жителей Океании и составляет лишь сотые доли процента от их генома. Генетические данные указывают на то, что эти гены попали к ним через смешение с денисовцами, у которых уже была примесь другого вида. Этот вид отделился от общего предка с Homo sapiens примерно 1,8 миллиона лет назад, что теоретически соответствует Homo erectus. Археологические находки останков Homo erectus в Азии, в том числе на острове Ява, подтверждают такую возможность. Денисовцы могли смешиваться с изолированными популяциями Homo erectus в этом регионе, а затем — с современными людьми.

До получения полных геномов других древних видов невозможно точно определить, какие именно виды передали современные людям эти линии. Известно, что унаследованные гены оказались полезными, особенно в отношении иммунитета и метаболизма, поскольку они кодируют белки, связанные с этими функциями. В противном случае такие участки ДНК были бы вытеснены естественным отбором.